El uso de filtros en las diversas etapas de transferencia y almacenamiento de AVGAS elimina la mayoría de los sedimentos extraños del combustible. Una vez en los tanques de combustible de la aeronave, los residuos deben asentarse en los sumideros de drenaje del tanque de combustible para ser eliminados antes del vuelo. Los filtros y coladores del sistema de combustible de la aeronave pueden capturar con éxito cualquier sedimento restante.

La pureza de la gasolina de aviación se ve comprometida con mayor frecuencia por el agua. El agua también se deposita en los sumideros si se da el tiempo suficiente. Sin embargo, el agua no es eliminada por los filtros y coladores de la aeronave tan fácilmente como las partículas sólidas. Puede entrar en el combustible incluso cuando la aeronave está aparcada en la rampa con los tapones de combustible colocados. 

El aire en el espacio de vapor del tanque por encima del combustible líquido contiene vapor de agua. Las fluctuaciones de temperatura hacen que el vapor de agua se condense en la superficie interior de los tanques y se deposite en el combustible líquido. Con el tiempo, esto se deposita en el sumidero, pero una parte puede permanecer en el combustible cuando la aeronave va a volar.

El procedimiento adecuado para minimizar la entrada de agua en el combustible de la aeronave es llenar los depósitos de combustible de la aeronave inmediatamente después de cada vuelo. Esto minimiza el tamaño del espacio de vapor sobre el combustible líquido y la cantidad de aire y vapor de agua asociado presente en el tanque. Cuando se introduce un exceso de agua en el sistema de combustible, ésta pasa a través de los chorros del carburador, donde puede interrumpir el buen funcionamiento del motor o motores.

Si el agua es arrastrada o disuelta en el combustible, no puede ser eliminada drenando el (los) cárter(es) y las cubetas del filtro antes del vuelo. Sin embargo, puede haber suficiente agua para que la formación de hielo sea un problema. A medida que la aeronave asciende y el combustible se extrae de los tanques, el suministro de combustible se enfría. 

El agua arrastrada y disuelta en el combustible es forzada a salir de la solución y se convierte en agua libre. Si se enfría lo suficiente, se forman cristales de hielo en lugar de agua líquida. Éstos pueden obstruir los filtros e interrumpir el flujo de combustible a los motores. Tanto el AVGAS como el combustible de aviación presentan este tipo de impurezas de agua que provocan la formación de hielo y que deben ser controladas y tratadas.

Los aditivos anticongelantes pueden añadirse al combustible a granel y también directamente al depósito de la aeronave, normalmente durante el reabastecimiento. Se trata básicamente de soluciones de dietilenglicol que funcionan como anticongelantes. Se disuelven en el agua libre que sale del combustible y reducen su punto de congelación.